在《超能力特警》中，玩家扮演的是一名为美国政府工作的超能力特殊部队成员Nick Scryer，他是一名超能力者，具有相当强的实力。为了潜入一个正在发展壮大的名为“Movement”的恐怖组织，他进行了整容，还清除了所有记忆，那些超能力也随着记忆的清除而失去。Nick在一次任务行动失败后被捕，幸好被一位双面女间谍Sara所救，Nick还被注射了一种能逐渐恢复超能力的物质，随着时间的流逝，他的记忆也会逐渐得到恢复。因此在游戏初期阶段，Nick只能靠着隐匿行动和武器来消灭“Movement”的强化士兵，不过随着游戏进度的增加，Nick也将会渐渐恢复其原本的超能力。 　　在游戏中，主角的任务就是摧毁整个“Movement”组织，一路上会碰到各种形态的敌人，包括Nick的师傅Barret，他会是主角在邪恶轴心势力遇到最强的敌人，其他BOSS并非容易对付，他们也拥有超能力，玩家只能寻找出对方的弱点来击败他们。