《统治》的故事情节颇为老套，在不久的未来，也就是2056年第三次世界大战结束后，所有的国家统合成一个名为“自由联合国”简称“F.N.U”的统一政府。这时地球进入了黄金时代，开始对地球周边的星球展开拓展与殖民。不过，快速的发展总是会留下些后遗症，随着一系列恐怖分子的自杀式袭击带来的各种动乱，自由联合国开始变得松散不堪，各派别之间互相对立，有部分成员国甚至脱离F.N.U。一时间，世界各地不断传出内战与边界纷争等消息，一个秘密组织“魅影同盟”出现并开始起义对抗F.N.U的统治。魅影同盟认为对夺取F.N.U在地球的地位，就必需切断对地球的能源供应，因此，他们发动了对那些负责为地球供应物资的星球的战争。