《炼金术士艾莉》是一款角色扮演游戏。故事发生在一个乡间的小村落“罗布森村”，突如其来的遭受莫名传染病肆虐，这对原本就十分贫瘠的罗布森村而言，无异雪上加霜。病患在生死边缘痛苦挣扎，家属泣不成声。15岁的少女艾莉，也受到这场传染病的感染，性命危在旦夕。就在濒死之际，为探究炼金术而外出旅行的玛莉偶然经过罗布森村，并救了艾莉一命。艾莉病好之后，立下要像玛莉一样当个炼金术士的宏愿，只身来到玛莉当初就读的炼金学院，展开四年的学生生活。