在《领土战争：入侵纽约》中，发生了世界范围内的异形入侵事件。在游戏的单人和多人模式下，玩家将扮演不同的角色来完成抵御异形入侵、保卫国家的任务。在单人情节中，玩家将扮演一名叫做John Armstrong的医科学生；而在多人模式下，玩家将扮演海军陆战队行动小组中的一员。玩家需要面对各种各样的异形怪物，每种怪物都拥有自己的独特的进攻方式和武器。玩家收集异形的技术，并用于自身武器的升级。