《彩虹六号3：雅典娜之剑》资料片的背景是接续《彩虹六号3：盾牌行动》的任务结束不久后，Gutierrez重新组织旗下的恐怖份子，准备在八个分散于全球的城市再次展开恐怖攻击。这些城市包括意大利、克罗埃西亚共和国、蒙第卡罗及希腊等等。 　　另外，本作也从前作当中选择了三个经典任务，重新强化后并再现于本资料片之中。这三个任务分别为《彩虹六号》一代中的大使馆行动，二代中的西伯利亚雪地任务及《彩虹六号：都市行动》中的地铁站任务。