《幻想三国志2》保留了前代“双主线”与“多结局”的特色，随著故事进行，玩家可依喜好做下不同的决定，来决定属於自己的最终结局。而与前代相异的地方是，此次影响的条件将不再受限於男女感情的选择，主角的价值观与系统的应用也都将是影响分歧的主要因素。 　　《幻想三国志2》承袭了一代的快节奏战斗连击系统，同时，二代还在攻击的判定、连击时间掌控的提示上做出了改良。在二代的阵形设定方面，阵形技能是每位游戏角色的基本技能，而不再是单独某位主角的专有技能；不同的武将特性，将拥有不同的阵形技能，将赋予整个队伍不同的战略思维。